农科大学初创，最初只设两门，一是农学门，二是农艺化学门。按 1903 年公布的《奏定大学堂章程》规定，农科大学应设农学、农艺化学、林学、兽医学四门。因当时条件所限 ( 一无校舍、二无设备、三无教员、四无学生来源 ) ，只能先设二门，于 1910 年 3 月招收上述二门新生，暂在大学堂总校马神庙开学。这是我校设立最早的两个系（当时称门）。

　　民国初年，全国学制进行改革，将原来的门改为科。 1914 年，始设农学科与林学科。 1921 年，在农学科中分为四门 ( 相当于今天的专业 ) ，即农业经济门、农艺化学门、植产学门、畜产学门；林学科分为三门，即林政学门、造林学门、利用学门。采取选科制 ( 设选修课 ) 达到分门的目的。

　　1923 年，专门学校改称农大，改科为系。全校始设农学、农业生物学、林学、农业化学、园艺学、病虫害学、畜牧学七系， 1927 年增设农业经济学系。此为我校设系之始。后来，园艺、畜牧、病虫害三个系曾并入农学系。

20 、 30 年代，直到“七七事变”前夕，在较长的时间里，保持五个系的设置：农学系（始于 1910 年）、农艺化学系（始于 1910 年）、林学系（始于 1914 年）、农业生物学系（始于 1923 年）和农业经济学系 ( 始于 1927 年 ) 。

　　抗战初期，学校西迁，当年只设农学、林学和农业化学三个系，直到与西北农林专科学校合并建立西北农学院时结束。

　　1946 年以后，重建北大农学院，设有十个系：农艺学系、园艺学系、昆虫学系、植物病理学系、森林学系、农业经济学系、畜牧学系、兽医学系、土壤学系、农业化学系，是建国前设系最多的时期。

　　清华大学农学院于 1946 年创办时，在原清华大学农业研究所（ 1934 年设）虫害、病害两个组和植物生理组（ 1938 年 10 月增设）的基础上设置了昆虫学、植物病理学和农业化学（植物生理）三个系。

　　华北大学农学院设系始于 1940 年的延安自然科学院生物系（ 1944 年改为农业系）。 1947 年华大农学院设畜牧兽医系、糖业系、经济植物系和糖业、兽医、森林三个专修科。 1948 年增设了农艺系、机械系、化学系（糖业系改建）。

　　1949 年 8 月，增设园艺、昆虫、植物病理、土壤四系，经济植物系改为森林系。当年十系 ( 农艺、园艺、昆虫、植病、土壤、农化、机械、森林、畜牧、兽医 ) 全部招生。

　　上述，北大、清华、华大三个农学院的系 ( 科 ) 设置，奠定了合并后直到 1952 年全国院系调整前农大系 ( 科 ) 的基本格局，农大成为全国系科设置最多最齐全的高等农业学府。