在涿县办学六载，虽然全校团结一致奋战种种困难，致力于学校的恢复与重建，无奈“四人帮”横行干扰破坏频繁，遇到了许多意想不到的困难乃至灾难。

　　“四人帮”势力派来的“工宣队”，实际上充当了破坏教育的穷凶极恶的打手，他们下车伊始就在学校抓“复辟派”、揪“农大的孔老二”、批“右倾回潮”，进而发展到大规模哄抢、打、砸、抄、抓，实行白色恐怖，迫使师生员工撤离涿县到廊坊、晋县等农村避难。

　　在全国一片“学朝农”的鼓噪声中，把华北农大作为“学朝农”的对立面；在“反击右倾翻案风”中，农大搬迁涿县又成了“复辟回潮”的典型，迟群、毛远新一伙趁机把罪恶的矛头指向周恩来总理。

　　在涿县建农大遇到了财力困难，加之外界的干扰，基建困难重重，进展迟缓，教学科研工作很难开展。

　　在这种环境中，农大再度陷于难以支撑的困境。

　　粉碎“四人帮”后， 1977 年 8 月，邓小平同志召开科学和教育工作者座谈会。沈其益同志应邀出席了这次座谈会，并在会上慷慨陈词，汇报了农大的处境，表达了全校师生员工办好学校的急切愿望。此前，高鹏先、王明远、沈其益曾联名上书邓小平。农大的处境引起了邓小平同志的关注，当即指示国务院派人到农大调查和处理。

　　1978 年 6 月，聂荣臻同志致函邓小平，他说：“办好一所重点农业大学，是促进农业现代化的的一个重要措施”，建议将华北农大搬回北京原址并恢复北京农业大学校名，对此，邓小平同志作了“这很对”，“我认为比较妥当”的批示。 9 月，聂帅在另一封信中又强调指出：“几亿人口吃饭问题是比上天更重要、更迫切的重要战略问题”。他指示应尽快落实中央关于农大搬回北京原址办学的批示。

　　1978 年 11 月 24 日，《国务院关于华北农业大学搬回马连洼并恢复北京农业大学名称的通知》正式下达。

　　经过长时间的调查、酝酿、争执以至反复，经党中央主席、副主席，国务院总理、副总理共 17 位领导人的批示、圈阅，农大的归宿终成定局，中央通知得以执行。

　　拨乱反正结束了北京农大长达十年的颠沛流离的历史，进入了恢复发展的新阶段，改革开放 16 年持续稳步发展的事实证明，只有稳定才能发展教育，折腾阻碍教育的发展，因而不得人心。