“农大问题”爆发于 1950 年 10 月。是年 10 月初，乐天宇召开会议动员学生由所谓“非生产系”（指植病、土化等系）转到“生产系”（指农学、园艺、森林、畜牧四系），造成混乱，引起轩然大波。这件事成为“农大问题”爆发的导火线。

　　“农大问题”起源于 1950 年初的教学改革中，当时决定开设“新遗传学”，停开 摩尔根遗传学、田间设计、生物设计三门课。这三门课停开的直接后果是迫使该三门课的主讲教师李景均教授出国他就。李景均是著名数理遗传学家，早年留学美国，获博士学位，曾在广西大学、金陵大学农学院任教， 1946 ─ 1949 年任北京大学农学院农学系主任。北平解放时，毅然留在北平，曾受到叶剑英等领导的接见。

　　遗传学停课、李教授出走事发后，引起中央的高度关注。教育部以及中央文委负责人胡乔木同志等亲自过问。当年 7 月，中央接到两封有关农大问题的来信。一是农大一助教的私人函件，因内容事关重大转到中央；一是乐天宇给刘少奇的报告。毛泽东、刘少奇、周恩来、朱德以及李维汉、陆定一、胡乔木诸中央领导人在这两封来信上都作了批示，说明中央十分重视这件事。 7 月 13 日，周恩来总理批示：“请文委党组负责认真查明，并指出解决意见，可考虑乐天宇是否适宜继续担任农大主委”。 7 月 16 日，毛泽东主席在两封信上作了两个重要批示，指出：“这个报告（指乐给刘少奇的报告）里所表现的作风是不健全的，乐天宇思想中似有很大的毛病”。又批示：“必须彻查农大领导，并作适当的处理”。

　　当中央着手研究解决农大领导问题之际，又发生了“转系事件”，引发了农大问题的总爆发。后来，中央派出庞大的调查组对农大工作及问题进行了长达两月之久的调查，对农大问题做出了结论和处理。 1951 年 3 月，学校领导班子进行了重大调整，决定农大实行校长制，孙晓村任校长，对农大工作进行整顿，农大进入新的发展时期，成为学校工作的重要转折点。