1949 年 9 月由北大、清华、华大三所大学的农学院合并组建的新中国第一所多科性农业大学，从诞生起她既肩负着历史赋予的重任，又面临着严峻的考验。首先遇到的是如何把具有不同历史传统与特点的三所农学院真正团结起来，统一思想、统一行动，为建设新型的社会主义农业大学而共同奋斗。当时，刚刚获得解放的广大师生革命热情十分高涨，办好学校有许多得天独厚的优越条件，有中央教育部的直接领导，有华大农学院的解放区办学经验，有北大、清华办学传统，有一些国内外知名的学者、教授。但由于并校时思想与物质装备均显不足，匆忙合并，困难成堆，矛盾重重。并校后在农大百废待举。面临着全面恢复、整顿与改革的紧迫而繁重任务。一方面要克服并校后带来的物质条件的困难，一方面要按中央部署着手对现存的教育制度与教学内容等进行一系列的改革。

　　新的领导班子上任伊始就开始酝酿实施许多重大的改革：

　　提出了“教育、生产、科研三位一体”的新教育方针和办学目标。并据此拟定了以实行农耕学习为重点的四阶段教学改革方案。所谓四阶段教学制，即将本科四年划分为基本科学学习、农耕学习、业务学习和业务实习四个阶段。其中农耕学习是最具特色的改革措施，是此次教改的重点。

　　在课程改革上采取了一些重要步骤：开设了马列主义政治课程；开设俄语（必修），取代英语（选修，实则停开）；开设米丘林遗传学（称为新遗传学），摩尔根遗传学（称为旧遗传学）以及与此相关的课程停开。

　　科学研究为农业生产服务，组织师生到农村、垦区参加实际生产与调查研究；与科研单位建立合作关系，扭转科研脱离生产实际的状况。

　　建立卢沟桥、龙王庙两个合作农场，改变原校办农场的管理体制。

　　以上各项教育改革的尝试，有的取得了显著成效，积累了宝贵经验，为中央和师生们所肯定；但也有失误，尤其在课程改革上，出现了有违党中央的方针与政策的现象，以致酿成震惊全国教育界的大风波 ── 爆发了“农大问题”。